C'est durant sa scolarité au collège que Cécile Boichot acquiert la volonté de devenir magistrat, et plus précisement juge des enfants. Après un premier poste de juge d'instance à Montargis, elle choisit les fonctions de juge de l'application des peines afin d'appréhender ce qui se passe après le prononcé de la peine. "Je voulais me rendre compte de ce qui se passait au niveau de l'exécution de la peine, de la réalité de la vie carcérale et du suivi des personnes condamnées".
Cécile Boichot a la responsabilité d’un bâtiment de la maison d'arrêt de Fleury-Mérogis dans lequel sont en principe affectées les personnes condamnés à une peine d’emprisonnement supérieure à deux années. Si elle ne connaît pas à proprement parler de "journée type", elle se déplace deux jours par semaine au sein de la maison d’arrêt pour des audiences de débats contradictoires et la commission d'application des peines. "Le reste de mon temps est consacré à l'examen des dossiers de demandes d'aménagement de peine, à la lecture des courriers des détenus et à la réponse à leur apporter, à la rédaction des jugements et au traitement des demandes urgentes".
Les partenaires du JAP sont le greffe, le service de l'exécution des peines du parquet, le service pénitentiaire d'insertion et de probation et la maison d'arrêt. Cécile Boichot a également des contacts avec les différents organismes et associations de réinsertion. "Je sollicite aussi régulièrement les services de police et de gendarmerie afin de procéder à des enquêtes et à des vérifications des éléments communiqués par les détenus".
Cécile Boichot souligne le caractère particulièrement enrichissant de ses fonctions qui permettent d’appréhender différemment la condamnation. Selon elle, l’intervention du JAP, dans le respect des décisions rendues par les juridictions de condamnation, est capitale et permet de donner son sens à la peine. "Cette fonction pousse également à chercher en chaque détenu des éléments positifs, à croire en l'espèce humaine et à demeurer optimiste. Elle nécessite de croire dans les vertus de la réinsertion sociale pour lutter contre la récidive".
Pour cette JAP, l’un de ses objectifs est "d'aider et d’accompagner les personnes qui souhaitent se réinsérer et mettre un terme à leur délinquance, tout en conservant un sens à la peine".